１ 始業時刻
始業時刻よりも実際に早く業務を開始させてないか確認する必要があります。朝礼などを始業時刻前に行っている場合は、始業時刻を変更するか、朝礼を始業時刻より後に行うように変更しなければいけません。
２ 休憩時間
休憩時間は自由に利用できるようにしているか。窓口当番や電話番などで拘束していないか確認する必要があります。自由利用の時間が確保できていない場合は是正しなければいけません。
３ １か月単位の変形労働時間制の規定と運用方法
１か月単位の変形労働時間制は、下記のとおり「日」、「週」、「月」単位で時間外をカウントする必要があります。
・「日」
8時間を超える時間を定めた日 → その定めた時間を超えて労働した時間が時間外労働
8時間以下の時間を定めた日 → 8時間を超えて労働した時間が時間外労働、8時間以下までが割増不要な時間外労働
・「週」
40時間を超える時間を定めた週 → その定めた時間を超えて労働した時間が時間外労働
40時間以下の時間を定めた週 → 40時間を超えて労働した時間が割増が必要な時間外労、40時間以下までが割増不要な時間外労働
・「月」の歴日数ごとに定められている上限時間
（40時間/週）…28日：160.0時間、29日：165.7時間、30日：171.4時間、31日：177.1時間
（44時間/週）…28日：176.0時間、29日：182.2時間、30日：188.5時間、31日：194.8時間
→「日の単位」、「週の単位」で計算した、割増が必要な時間は除いて計算する。
１か月単位の変形労働時間制を導入するためには、就業規則や労使協定において下記（1）～（4）について定める必要があります。
（１）対象従業員の範囲
（２）対象期間、起算日
（３）労働日及び労働日ごとの労働時間
シフトは遅くとも前月末日までに１か月分を決定し、労働者へ周知する必要あり。
（４）労使協定の有効期間 …適切に運用するためには長くても3年以内程度が望ましい。
なお、変形期間の途中に頻繫に勤務シフトを変更しているなどの実態があれば、変形労働の適用が否定される可能性が高いので注意しましょう。
４ １年単位の変形労働時間制の規定と運用方法
１年単位の変形労働時間制については、下記のとおり「日」、「週」、「年」単位で時間外をカウントする必要があります。
「日」、「週」については、１か月単位の変形労働時間制と同じ。
「年」の単位は、「日の単位」、「週の単位」で集計した残業時間を除き、上限時間2,085時間（閏年は2,091時間）を超過した時間は、残業時間として計上しなければなりません。
導入するには、就業規則への記載、労使協定の締結・労基署への届出、年間カレンダー・勤務シフトの従業員への周知する必要があります。
１年単位の変形労働時間制を導入するためには、就業規則に記載があり、かつ、下記（1）～（5）について労使協定で定めて労働基準監督署へ届け出て、労使協定や年間カレンダー、勤務シフトを従業員へ周知する必要があります。
（１）対象従業員の範囲
（２）対象期間及び起算日
起算日と給与計算期間の初日が一致していないようなケースでは、法律に即したシフト管理と給与計算を両立することが難しくなります。
（３）特定期間
１年の中で特に多忙な期間。必ず設ける必要はありませんが、設けた場合、最長で12日連続して勤務することも可能となります。
（４）労働日及び労働日ごとの労働時間
年間カレンダーを作成するのが一般的です。必ずしも１年間分の勤務シフトを作成する必要はありませんが、対象となる月の30日前までに勤務シフトを作成し、従業員に周知しなければなりません。
（５）労使協定の有効期間
対象期間と同じ１年程度とするのが望ましいです。
なお、年の途中で入退社が発生した場合は、週の所定労働時間が45時間だったとしても繁忙期なら通常、時間外割増は払われませんが、繁忙期だけで退社した場合は、閑散期の勤務実績がないので、退社時は週40時間を超えた分の割増賃金を支払う必要があります。（すでに時間外・休日労働として割増賃金を支払った期間は除きます。）
５ フレックスタイム制
フレックスタイム制とは、従業員自身で勤務時間を柔軟に決められる制度で、プログラマーやデザイナー等向けの制度です。職種や部署単位での適用も可能です。
導入の際には、労使協定で以下６つの内容を締結する必要があります。
（１）対象従業員の範囲
（２）清算期間
１～３か月の間で定める必要がある。
（３）清算期間における総労働時間（所定労働時間）
毎月160時間と固定したり、各月の総労働時間を勤務日×１日８時間と変動する形で定めることも可能です。
（４）標準となる１日の労働時間
年次有給休暇を取得した場合、支払う賃金の基礎となる時間
（５）コアタイム（任意）
従業員が必ず働かなければならない時間帯。
会議などはコアタイム中に行うべき。コアタイムでない時間に出席を強制できません。
※フレックスタイム制では、その月の働くべき時間（総労働時間）と実労働時間とを比較して、不足があった場合にしか賃金控除をできないため、コアタイムに遅刻、早退した場合でも、総労働時間に不足がなければ、遅刻早退控除をすることはできません。
（６）フレキシブルタイム（任意）
従業員が自らの選択で労働時間を設定できる時間帯。
フレックスタイム制の残業の考え方については、下記のとおりです。
（清算期間が１か月の場合）
→残業時間は月単位のみで計算するため、１日または週単位で残業という概念はありません。
ただし、１か月を超える期間を清算期間とした場合、残業時間のルールが異なります。
（清算期間が１か月を超える場合）
①清算期間における総労働時間が法定労働時間の総枠を超えないこと
⇒清算期間全体の労働時間が、週平均40時間を超えないこと
②１か月ごとの労働時間が、週平均50時間を超えないこと
フレックスタイム制と年次有給休暇との関係について
年次有給休暇を取得した場合は、労使協定で定める１日の標準労働時間を働いたものとして、所定時間に計上するが、残業時間を計算する場合は実働でカウントするため、有給休暇を取得した時間を合わせて法定労働時間を超えていても、実労働時間が超えていなければ割増賃金を支払う必要はありません。
６ 直行直帰の場合の労働時間
直行直帰の場合の労働時間については、以下のとおりです。
（１）勤務開始時刻：直行先で業務を開始した時刻
（２）勤務終了時刻：出先で業務を終えた時刻
→（１）～（２）までの時間が労働時間（勤務時間）
直行直帰の移動時間は、通勤時間となり、労働時間ではありません。労働時間として修正すれば、会社は労働時間を把握できておらず、勤怠管理が不十分となります。特に業務時間の方が所定労働時間よりも長い場合に直行直帰を理由に所定労働時間働いたと見なす方法は改ざん指示との指摘を受ける可能性あり。
※直行直帰の場合の実労働時間が所定労働時間より短い場合は一般的に賃金控除しない取り扱いをします。
※直行直帰の場合に業務日報等をメールで提出した場合は、その時刻が業務終了時刻となってしまい、勤怠管理が難しくなるので、直行直帰の場合には一定の時刻以降にメールを送信しないよう取り決めていた方がよいと思われます。
７ 副業・兼業
法律上、副業・兼業を禁止する定めはないので、禁止はできませんが、秘密保持義務、競業避止義務、企業秩序維持 、健康管理の観点から許可制とすることは可能です。
１日の法定労働時間（８時間）を超えたら残業代の支払いが必要となりますが、自社と副業先のどちらが残業代を払うかについては、従業員と後から雇用契約を結んだ会社が支払うことになります。
副業・兼業の場合でも法定労働時間の上限規制が適用されるので、労働時間管理をしっかり行いましょう。
副業・兼業の許可の条件例については、以下のとおりです。
（１）同業他社での副業・兼業をしないこと
（２）副業・兼業は会社の休日や時間外に行うこと
（３）業務に支障がないように注意すること
（４）副業先で会社の情報を漏らさないこと
（５）会社の信用や信頼を損ねることがないように注意すること
（６）副業先と合算した労働時間は上限の範囲で行うこと
（７）副業先での労働時間を報告すること
（８）必ず１日の休日を取得すること
（９）自社の残業命令には従うこと
（10）会社の業務に支障を生じさせないこと
（11）健康管理に努めること
８ 在宅勤務
在宅勤務であっても労働時間を適正に把握する必要があるため、「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン」に沿って適正な把握を行う必要があります。
在宅勤務に関して定めておくべきルールとして、以下の（1）～（8）などが考えられます。就業規則（テレワーク規程）等に定めた上で運用したほうがよいでしょう。
（１）時間外・休日・深夜労働を原則禁止、または許可制とする
（２）メール送信のルールを策定
（３）システムへのアクセス制限
（４）長時間労働等を行う従業員への注意喚起
（５）在宅勤務の対象者
（６）就業場所の範囲
（７）情報通信機器等に関する費用負担
（８）情報取扱等のルール
９ 残業
労働時間・休日に関する原則は以下のとおりです。
・法律で定められた労働時間の限度：１日８時間及び１週40時間
・法律で定められた休日：毎週少なくとも１回
→時間外労働・休日労働させるためには、３６協定の締結が必要です。
３６協定の有効期限は１年なので、毎年、届出が必要です。
（事業所単位、従業員が10人未満でも届出が必要）